內分泌暨新陳代謝系以診治荷爾蒙變化所引起的疾病為主。國內相關專科醫學會為內分泌學會及糖尿病學會兩學會，本系向為專科醫師訓練單位。早年著重於診療青少年代謝遺傳疾病及成人內分泌疾病。近年來，隨著肥胖族群增加及人口高齡化，糖尿病、內分泌性高血壓、高血脂、高尿酸、甲狀腺異常、骨質疏鬆、新陳代謝症候群以及老化引起內分泌改變，熟齡相關疾病已成為精準醫療的新重心。

糖尿病治療方面，本科的特色在於整合各領域專家，包括醫師，護理師、衛教師、營養師及臨床藥師等等，組成完整的照護團隊，提供糖尿病患周全服務。甲狀腺腫瘤治療方面，整合本科以及外科，病理科，放射科，腫瘤科，核子醫學科等多學科專家，提高整體治療成效。

41年來歷經張淳堆主任及陳清助主任辛勤耕耘，為本科打下深厚穩定的基礎。在此期間，新陳代謝科時期就成立了國民健康局認可的糖尿病衛教教室，服務廣大中區糖尿病病友。糖尿病病友會也於2003年7月成立，經常為病友舉辦各類的衛教演講或旅遊活動。2015年甲狀腺癌病病友會成立，更積極擴展病友服務。2019年5月謝明家副院長成立智能糖尿病暨代謝運動中心，導入糖尿病照顧4.0時代。2020年設立內科部智能中心甲狀腺精準醫療科何俊緯醫師任主任。自徐盛邦醫師、何俊緯主任引進射頻消融術、微創縮小甲狀腺結節已成為本院甲狀結節治療新選擇。2021年升格為內分泌暨新陳代謝系，陳清助教授為系主任，陳榮興副教授任新陳代謝科主任、王子源助理教授擔任內分泌科主任。本院是中華民國內分泌暨糖尿病專科醫師之合格訓練醫院，未來將持續網羅優秀的年青內科住院醫師加入我們的行列，加強本科陣容。截至2025年12月為止，本科醫療隊成員如下：

• 主任：王子源醫師
• 顧問醫師：張淳堆醫師、張慶忠醫師、傅茂祖醫師 
• 主治醫師：黃偉倫醫師、黃國欽醫師、洪逸芷醫師、曾睿玉醫師、陳瑩惠醫師、曾盈瑜醫師、李蘊琪醫師、邱依婷醫師、黃郁青醫師
• 研究醫師：王予賢醫師
• 糖尿病衛教師：葉桂梅衛教師 、黃琪豫衛教師、呂莉君衛教師、張琬琦衛教師、張贏方衛教師、許凱婷衛教師、鄭曉宜衛教師