本院新世紀研究發展體系的觀念如下：

1. 本院研究發展體系規劃要符合亞洲級醫院的定位，配合國家經濟發展與競爭力提昇之要求。

2. 研究發展必須解決人類，尤其本土人民所面臨的醫療困境及生物科技進步下所衍生的問題。

3. 研究必須展現獨特性，立基於傳統，集中目標，再強化中國醫藥大學附設醫院的優勢。

4. 研究重視創新與實用兼顧 — 鼓勵研究單位確定其任務與目標。

5. 研究強調速度與國際競爭力 — 縱向的整合，包括基礎、應用/開發研究、專利申請及技術轉移，均要有密切結合與快速的經營管理。

6. 研究強調系列性，要永續經營，在管理、資源分配與共享、成果應用與迴饋均要有活化的制度。